同源转基因技术至少和常规育种及诱变育种一样安全 非期待的毒性基因或敏感基因 目前，同源转基因技术已经用于由晚疫病菌引起的马铃薯毁灭性病害的抗性育种。该病害需要投入难以想象的大量杀菌剂加以控制。对这种稳定抗性的常规育种是很费时的，有时甚至存在有毒成分基因导入的可能，如从野生马铃薯中得到的醣生物碱。采用反复回交的手段来去除这些有害特性，使常规育种成为一个慢长的过程。假如采用同源转基因技术，仅仅是抗性基因被插入到栽培中，不带有任何有毒基因或其他非期待的特性。正因如此，同源转基因技术总是比常规育种或诱变育种更安全。 基因漂移 如果同源转基因作物种在田间，这些作物的花粉可能传播到相邻植物群， 同源基因克服了这些生物安全问题，因为同源转基因就来源于这些野生类型，而且已在这些植物群落中存在很长时间。此外，这些基因可能已经被用在常规育种当中了。因此同源转基因作物和非转基因作物的共存不是一个应该争论的问题， 插入位点 像常规育种中的诱变易位育种一样，同源转基因在植物基因组的插入位点是不能预知的。因此，同源转基因植物育种要做多个重复，就像常规育种筛选一样，表现最好的植物入选。
更多的关于同源转基因安全方面的文献
- Schouten, H.J., Krens, F.A., Jacobsen, E., 2006. Do cisgenic plants warrant less stringent oversight? Nature Biotechnology 24: 753.
- Schouten, H.J., Krens, F.A., Jacobsen, E., 2006. Cisgenic plants are similar to traditionally bred plants. EMBO Reports 7: 750-753.
- Jacobsen, E., Schouten, H.J., 2007. Cisgenesis strongly improves introgression breeding and induced translocation breeding of plants. Trends In Biotechnology 25: 219-223.
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